Засгийн газрын 2009 оны 49 дүгээр тогтоолоор ЗГХЭГ-ын удирдлагын орон тоог дарга, тэргүүн дэд дарга, дэд дарга тус бүр нэг, ЗГХЭГ-ын орон тооны хязгаарыг 106 байхаар тогтоож, зохион байгуулалтын бүтцийг дор дурдсанаар баталсан. 

а/ Бодлого зохицуулалтын хэлтэс;

б/ Орон нутгийн удирдлагын хэлтэс;

в/ Хуулийн хэлтэс;

г/ Хяналт, шалгалт, үнэлгээний хэлтэс;

д/ Захиргааны хэлтэс;

е/ Мэдээллийн технологийн хэлтэс;

ж/ Төрийн ёслолын алба;

з/ Засгийн газрын хэвлэл, мэдээллийн алба;

и/ Ерөнхий сайдын зөвлөхүүд, ажлын хэсэг;

к/ Тэргүүн шадар сайдын ажлын алба;

л/ Шадар сайдын ажлын алба.